Para gloria de Dios, en enero del año 2008 el Pastor Óscar Humberto Padilla Magaña junto con su esposa e hijos obedecieron al llamado que Dios puso en sus corazones de compartir las buenas nuevas de salvación en Cristo nuestro Señor. Ellos llegaron a la ciudad de Ahuachapán con el propósito de iniciar la filial de Iglesia Cristiana Emanuel con una visión misionera. La congregación empezó en la ciudad de Ahuachapán, específicamente en el Barrio Las Flores, luego se trasladó a la vivienda del Pastor en la Colonia Suncuán. La familia Vidal Magaña fue la primera que decidió apoyar al Pastor para invitar personas a la congregación.
En el año 2014, El hermano Edwin Stanley Vidal Azucena fue ordenado como Pastor de la filial por el Pastor David Valenzuela, Pastor General Cristiana Emanuel El Salvador, luego que el Pastor Padilla entregara su cargo por expresar el deseo de continuar su servicio a Dios a través de las misiones internacionales. El pastor Vidal dirige la obra cristiana con el objetivo de cuidar de sus ovejas y alcanzar a otros para que conozcan el amor de Dios y el evangelio de Cristo.
La congregación cuenta con ministerios de proyección social para mostrar amor al prójimo y a los desamparados, tales como el ministerio Betesda que brinda alimentos a los que no tienen hogar y les da palabra de Dios, ministerio de niños el cual organiza alcances infantiles en diferentes comunidades de Ahuachapán para ayudar a los más desamparados. De igual manera, cuenta con el ministerio de ventas, Maná con el que se obtienen recursos para sostener la obra y colaborar con los ministerios de canastas de víveres, transporte, evangelismo y ayuda a los hermanos en necesidad.
La congregación crece espiritual, física y numéricamente con la ayuda del Espíritu Santo y continúa llevando la palabra de Dios, cumpliendo con el mandato de nuestro Señor Jesucristo dado en Mateo 28:19 “Por tanto, id, y haced discípulos a todas las naciones, bautizándolos en el nombre del Padre, y del Hijo, y del Espíritu
Santo;”.